Batman (nombre real Thomas Wayne) es un vigilante despiadado y exasperado en la línea temporal de Flashpoint. Impulsado a vengarse por la muerte de su hijo a manos de un atracador, ahora masacra criminales en todo el multiverso. Thomas localizó a Joe Chill (el asesino de su hijo) e iba a envenenarlo, pero decidió matarlo a golpes con sus propias manos. Su esposa Martha Wayne quedó tan traumatizada por el evento que se cortó la cara quedando una estridente sonrisa y muy pronto, cayó en la locura y se convirtió en el Joker de la línea temporal alterada. Batman comenzó a trabajar con Catwoman, una joven ladrona a la que una vez perdonó y a la que se encariñó como una figura paterna, lo que lo llevó a abandonar sus costumbres violentas. Sin embargo, Martha le disparó en el estómago y la paralizó, haciéndolo recaer en sus viejas costumbres nuevamente. En su ola de crímenes, Martha secuestró a los hijos gemelos del juez Dent. Cuando localizó a uno de sus socios en el crimen Yo-Yo, la interrogó sobre la ubicación de su esposa, pero cuando ella se negó a cooperar, la echó del edificio. Sin embargo en ese momento Cyborg llegó para atraparla y Batman bromeó "se resbaló". Cyborg le pidió a Thomas que se uniera a él para detener la guerra entre las Amazonas y los Atlantes que había devastado Europa, pero él se negó. Más tarde esa noche, el impotente
Barry Allen estaba buscando a
Batman y entró en la Baticueva, pero Thomas atacó al intruso. Se sorprendió cuando Barry siguió llamándolo Bruce y dijo que sabía que era Batman. Thomas se sorprendió pero deseaba saber más sobre su hijo y su vida en la línea temporal alternativa. Barry convenció a Thomas para que lo ayudara a reescribir la línea de tiempo y el primer paso fue ayudar a recuperar los poderes de Barry. Thomas creó un dispositivo que recrearía el accidente que creó Flash, el primer intento fue un fracaso dejando a Barry gravemente quemado, pero después de un intento más, el procedimiento resultó exitoso y Barry se convirtió en Flash una vez más. Thomas Wayne financió en secreto su guerra contra el crimen a través de sus casinos Wayne. Trabajó en estrecha colaboración con el jefe Jim Gordon, jefe de seguridad de Gotham, ya que hace unos años se privatizó la fuerza policial. Trabajó en estrecha colaboración con Oswald Cobblepot, jefe de seguridad de todos sus casinos. Batman fue llamado por el Jefe Gordon, quien trató de convencerlo de que no tenía que luchar solo contra los villanos, pero Batman se negó. Más tarde, Batman se sorprendió de que el Joker tuviera imágenes del asesinato de su amigo James Gordon. Engañó al Jefe Gordon para que le disparara a la hija de Dent tapándole la boca con cinta adhesiva y disfrazándola de Joker. Antes de que Batman la confrontara, ella le cortó la garganta a Gordon. Después del asesinato de Gordon, Batman apareció para enfrentarse a su ex esposa. Batman le dijo que había descubierto una manera de reescribir la historia para que Bruce nunca muriera. Le habló de Barry Allen y de cómo le ayudó a restaurar sus poderes. Martha, con este conocimiento, quedó tan sorprendida al saber las dificultades por las que pasaría su hijo, y corrió hacia su muerte por un acantilado cerca de la mansion Wayne. Thomas trabajó con Barry para reclutar un equipo para alterar los cambios de
Reverse-Flash en la línea de tiempo. Batman se puso en contacto con Cyborg en un intento de encontrar el Proyecto Superman, la rama gubernamental responsable de criar a un alienígena Kal-El que supuestamente era el ser más poderoso del planeta. Cuando lo encontraron, lo único que vieron fue a un hombre pálido y flaco, pero cuando estuvo expuesto a la luz del sol, sus poderes se activaron y se fue volando. El grupo de héroes escapó de las instalaciones con la ayuda de Element Woman, pero los recuerdos de Barry comenzaron a cambiar y Thomas se vio obligado a inyectarle una droga que ralentizó su procesamiento cerebral. Los héroes se dirigieron a Fawcett City para encontrar al equipo conocido como S.H.A.Z.A.M. un grupo de adolescentes que podrían combinar sus poderes para convertirse en el Capitán Trueno.
Usando los poderes de Billy Batson, pueden ralentizar los efectos de la combinación de
Speed Force y la propia línea de tiempo alterada en el cerebro de Barry. El equipo decide detener la guerra entre Wonder Woman y Aquaman, porque no hay garantía de que ganen contra el Profesor Zoom. Thomas acepta a regañadientes y los héroes se dirigen a Nueva Themyscira en el Batplan. También reclutan a Enchantress para la misión. Wonder Woman y el Emperador Aquaman están enfrascados en una batalla cuando llega el equipo. Batman apuñala al Profesor Zoom por la espalda con una espada y mientras el Profesor Zoom se regodea de que Barry había creado la línea de tiempo, no Zoom. Flash hizo esto cuando intentó retroceder en el tiempo para salvar a su madre, pero Batman es herido mortalmente por Enchantress, que en realidad era una espía amazónica. Antes de que Flash pueda correr al pasado en un intento de evitar que su yo más joven altere la línea de tiempo, Thomas, al darse cuenta de lo que Flash planeaba hacer después de aprender su papel inadvertidamente, le agradece por todo lo que ha hecho y le entrega a Barry una carta dirigida a su hijo y acepta su destino. Después de que Barry aparentemente restaura la línea de tiempo a una aproximación de su estado anterior, visita a Bruce Wayne y le entrega una carta de su padre, y le dice que no podría haberlo hecho sin su ayuda. Bruce está profundamente conmovido porque su padre ha sacrificado su existencia por el. Cuando Bruce Wayne y Barry Allen comenzaron a investigar un botón misterioso que apareció en la
Baticueva después del regreso de
Wally West, usaron la
Corredora Cósmica para rastrear la radiación proveniente del botón, lo que los llevó al universo
Flashpoint, a la Baticueva de Thomas Wayne. Thomas atacó a Flash, ya que creía que la aparición de los dos no era real y era un truco. Barry logra convencer a Thomas de que son reales. Barry está confundido por cómo están en Flashpoint y se da cuenta de que alguien había mantenido la línea de tiempo de Flashpoint en su lugar, cuando debería haber sido revertida después de que Barry la dejó originalmente. Poco después, los tres son atacados por soldados amazónicos y atlantes. Thomas y Bruce los mantienen a raya mientras Barry reconstruye la cinta para que puedan irse. Después de que reparan la cinta de correr, Barry se da cuenta de que el mundo Flashpoint está comenzando a borrarse de la existencia. Barry y Bruce suben a la cinta de correr y le piden a Thomas que los acompañe, aunque Thomas se niega y le dice a Bruce que debería dejar de ser Batman, encontrar la felicidad y concentrarse en ser un padre para su hijo. Poco después, Barry y Bruce se van y Thomas es borrado de la existencia, junto con la línea temporal de Flashpoint. Más tarde se revela que Thomas sobrevivió a esta terrible experiencia a través del Flash inverso que lo salvó de su línea de tiempo colapsada, todo en el esfuerzo de Thawne por llevar a Thomas a la desesperación por la decisión de Bruce de seguir siendo Batman. Luego se revela que Thomas ha estado trabajando para
Bane, como parte de su plan para romper psicológicamente a Bruce Wayne por completo para que deje de ser Batman. Más tarde, Thomas traicionaría a Bane disparándole en la cabeza y dejándolo en coma. Al enfrentarse a Bruce solo, le dice que deje de ser Batman y sea feliz con
Catwoman. Sostiene a Bruce a punta de pistola después de que ella lo ataca. Aunque no lo mata, intenta persuadirlo. Bruce afirma que será feliz y también será Batman, afirmando que ya no es el niño de diez años que perdió a sus padres y que ya no es su padre antes de noquearlo. En la prisión, Bane le rompe la espalda a Thomas en venganza. Thomas fue trasladado a
Arkham Asylum y finalmente se recuperó de sus heridas. Una noche, X-Tract lo secuestró del Asilo y lo llevó a una nave prisión interdimensional. Logró escapar de la nave en una cápsula que se estrelló en la Tierra 23. Fue encontrado por los padres del
Superman de esa realidad, quienes se lo entregaron a su hijo. Thomas se unió a
Justice Incarnate y su misión de frustrar los planes de
Darkseid de abrir el
Multiverso y tomar el control de la Gran Oscuridad más allá. En su viaje vio a todos los homólogos de Bruce en todo el Multiverso y se dio cuenta de que ser Batman era el destino de su hijo. La Liga de la Justicia Encarnada frustró los planes de Darkseid, pero la grieta en el Multiverso se desprendió de su posición en la Tierra Omega y desapareció. Mientras Barry Allen estaba atrapado al otro lado, JLI intentó rastrear la grieta para poder rescatarlo, pero Thomas creyó que la amenaza que representaba la grieta era demasiado grande e intentó colapsarla. Thomas intentó matar a
Doctor Multiverse, quien había absorbido la grieta en sí misma, pero él mismo estaba poseído por la Gran Oscuridad. Darkseid destruyó a Thomas con sus Rayos Omega, aparentemente matándolo. Sin embargo, en lugar de morir, Thomas de alguna manera se encontró de regreso en su propia realidad. Batman (Flashpoint Timeline) es creado por Bill Finger y Bob Kane en
Flashpoint Vol 2 #1 (Julio, 2011).
